南通大学第五轮学科评估完整结果目前还未公示。作为参考，在教育部第四轮学科评估中，南通大学共有7个学科获得评级，基础医学获评B-，为学校评级最高的学科。
南通大学第四轮学科评估结果完整名单
教育部第四轮学科评估中，南通大学一共7个学科上榜，其中1个B-学科、1个C+学科、3个C学科、2个C-学科。
| 序号 | 院校名称 | 学科名称 | 评估结果 |
|---|---|---|---|
| 1 | 南通大学 | 基础医学 | B- |
| 2 | 南通大学 | 信息与通信工程 | C+ |
| 3 | 南通大学 | 马克思主义理论 | C |
| 4 | 南通大学 | 机械工程 | C |
| 5 | 南通大学 | 临床医学 | C |
| 6 | 南通大学 | 中国语言文学 | C- |
| 7 | 南通大学 | 控制科学与工程 | C- |
从评级较高的学科来看，南通大学的基础医学获评B-，信息与通信工程获评C+，马克思主义理论、机械工程、临床医学获评C，这些学科均为该校的优势学科。
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